Η Διεύθυνση Αγροτικών Υποθέσεων Ηπείρου είναι αρμόδια ιδίως για θέματα αναδασμού και εποικισμού, καθώς και για θέματα γεωργικών εκμεταλλεύσεων και αλιείας στην Περιφέρεια Ηπείρου σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.

Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς της και να ακολουθεί τις οδηγίες του.

Η Διεύθυνση Αγροτικών Υποθέσεων Ηπείρου έχει έδρα τα Ιωάννινα και συγκροτείται από τα ακόλουθα Τμήματα, τα οποία έχουν επίσης έδρα τα Ιωάννινα:

α) Τμήμα Αναδασμού και εποικισμού

β) Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας

Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση άδειας συλλογής υδρόβιων οργανισμών για ερευνητικούς σκοπούς, την ίδρυση ιχθυόσκαλων και τον καθορισμό της έδρας αυτών, την κατάρτιση προγραμμάτων ιχθυοτροφικής ανάπτυξης των ορεινών ρεόντων υδάτων, καθώς και για θέματα γεωργικών εκμεταλλεύσεων στο πλαίσιο των σχετικών κανονιστικών ρυθμίσεων.

Το Τμήμα Αναδασμού και εποικισμού, το οποίο είναι αρμόδιο ιδίως για το συντονισμό των εργασιών αναδασμού – εποικισμού στην Ήπειρο, τη συμμετοχή σε επιτροπές που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία και σε επιτροπές ανάθεσης μελετών στον ιδιωτικό τομέα, την επίβλεψη, έλεγχο και παραλαβή εργασιών που ανατίθενται στον ιδιωτικό τομέα, καθώς και τη συμμετοχή σε τοπογραφικά συνεργεία για την εκτέλεση εργασιών αναδασμού – εποικισμού.